生態環境部為本次專項行動制定了巡查工作方案，明確了巡查目標、重點和相關要求。通過巡查，督促地方各級人民政府和相關部門進一步加強自然保護地工作，壓實責任，嚴肅查處違法違規問題，抓緊開展整頓治理，堅決徹底整改相關問題。

聯合巡查分12組，對31個省（區、市）全覆蓋。本次核查內容包括：2017年以來新增的違法違規問題核查整改情況；“綠盾2017”專項行動問題整改情況“回頭看”；國家級自然保護區勘界立標、機構建設、人員保障、資金保障等情況；“綠盾2018”專項行動問題臺賬的建立和銷號制度執行情況等。

為保證巡查工作的有效性，生態環境部組織開展了區域遙感監測，結合各地上報的“綠盾2018”專項行動工作報告和前期暗訪明查掌握的信息，對全國國家級和省級自然保護區以及長江流域自然保護地的問題進行梳理，篩選出列入巡查范圍的自然保護地及其問題清單，而不是由地方選擇巡查對象和問題點位，具有抽查性質。各巡查組將深入實地進行檢查，核實存在問題的點位。為確保強化巡查效果，生態環境部等部門將對查處和整改問題不力的地方政府和主管部門進行公開約談，督促其整改。